Фамилия Мокошин — редкий случай, когда основа прозвища, скорее всего, не славянского, а финно-угорского происхождения. Вопреки интуитивному желанию связать её с «мокрым» или «мокнуть», лингвисты видят здесь имя древнего языческого божества. В пантеоне восточных славян была Мокошь — единственное женское божество в списке князя Владимира, покровительница прядения, ткачества и женских ремёсел. Однако корень «Мокош» — не славянский, а заимствованный из финских языков, где слово moksi означало «ручей» или «вода». Так что прозвище Мокош могло относиться либо к человеку, жившему у воды, либо к тому, кто исполнял обряды в честь богини (жрец или хранитель культа).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мокошин — «сын Мокоши» или «потомок человека по прозвищу Мокош». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Интересно, что в древнерусских документах имя Мокош встречается как личное (нехристианское) — например, в новгородских берестяных грамотах. Если предок носил такое имя, это могло означать, что его семья долго держалась за дохристианские традиции, либо прозвище закрепилось за человеком с «мокрой» внешностью или профессией (рыбак, лодочник).

Географически фамилия привязана к северо-западу России: Новгородская, Псковская, Вологодская области, а также к финно-угорским регионам (Карелия, Коми). Встречаемость крайне низкая: по данным переписей, Мокошиных в России не более нескольких сотен. Среди однокоренных фамилий — Мокшин, Мокшанов, Мокеев, но Мокошин стоит особняком: в нём сохранился древний корень, не стёртый поздними переосмыслениями.

Версия о связи с этнонимом «мокша» (мордовское племя) менее вероятна: тогда фамилия звучала бы как Мокшин или Мокшов. А вариант «от мокнуть» (человек, который мокнет под дождём) — народная этимология, не подтверждённая историческими источниками. Так что Мокошин — один из тех ономастических артефактов, где за бытовым звучанием прячется языческая древность и финский след.