Фамилия Мякошин происходит от личного прозвища Мякоша, которое и стало её основой. Привычное для русского уха окончание -ин указывает на принадлежность: буквально фамилия отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Мякоши» или «человек из рода Мякоши». Такая модель образования — одна из самых распространённых в северных и центральных русских говорах, где фамилии на -ин встречаются едва ли не чаще, чем на -ов.

Сам корень «мяк-» отсылает к прилагательному «мягкий», но смысл у этого слова в старину был шире, чем сейчас. Мягким называли человека кроткого, уступчивого, душевного и отзывчивого, лишённого резкости и грубости. Вполне вероятно, что прозвище Мякоша отражало именно характер основателя рода: так могли прозвать доброго и покладистого человека. Однако в некоторых говорах слово имело и другое значение — полный, тучный человек. Здесь срабатывает та же логика, что и в фамилиях Мягков или Мякишев: внешность часто становилась источником прозвища.

Есть и третья, не менее любопытная версия, которая связывает прозвище со словом «мякоть». В разных регионах это слово имело свои значения: в пермских говорах мякотью называли мелкие отруби, в тульских — связку льна, а в ярославских — паханую землю, поле, с которого уже снят один хлеб. Если придерживаться этой гипотезы, то Мякоша — прозвище «профессиональное», указывающее на род занятий: мельник, работавший с отрубями, или земледелец, обрабатывавший поле. Такое объяснение выглядит правдоподобным, потому что в основе многих русских фамилий лежат именно прозвища по ремеслу.

Какая из версий верна — сказать сложно. Скорее всего, в разных семьях прозвище Мякоша могло возникать независимо и по разным причинам: где-то за характер, где-то за внешность, а где-то за работу. Это не редкость для русской ономастики: одно и то же прозвище в разных губерниях нередко имело разные истоки.

Фамилия Мякошин встречается в документах с XVII века, преимущественно в северных регионах России, что косвенно подтверждает версию о «мякоти» в значении отрубей или пашни — эти слова как раз бытовали в северных и центральных говорах. Со временем прозвище Мякоша закрепилось за человеком как основное именование, а его дети и внуки уже писались Мякошиными. Так простое прозвище, данное когда-то предку, превратилось в фамилию, которая дошла до наших дней.