Фамилия Мякушин образована от прозвища или нецерковного имени Мякуш. В основе лежит прилагательное «мякуш» — в старых говорах так называли мягкий, податливый, уступчивый по характеру человек. Иногда «мякушем» могли назвать и просто любителя мягкого хлеба, мякиша, но это значение менее вероятно для прозвища: скорее всего, оно описывало именно нрав.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мякушин буквально значит «сын Мякуша» или «из семьи Мякуша». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я (ср. Ильин, Фомин). В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии от прозвищ, характеризующих личные качества, относятся к древнейшему пласту — они могли возникнуть ещё в XV–XVI веках, когда прозвище закреплялось за родом.

Географически фамилия Мякушин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской, а также в Поволжье. В Вологодской области, например, записаны крестьяне Мякушины в писцовых книгах XVII века. Это даёт основание предполагать, что предки носителей фамилии были вольными или дворцовыми крестьянами, а не дворянами: фамилия не попала в родословные книги высшего сословия, что типично для прозвищной основы из народной речи.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные варианты — Мякушев, Мякишев, Мягков. Все они восходят к одному смысловому гнезду «мягкий», но различаются суффиксальным оформлением. Мякушин стоит особняком благодаря суффиксу -ин, который в этом корне встречается реже, чем -ев или -ов. Это может указывать на то, что прозвище Мякуш было не просто описательным, а личным именем, которое передавалось в роду без изменений.

Таким образом, фамилия Мякушин — это «характеристическое» прозвище, ставшее родовым. Предки носителей, скорее всего, выделялись мягким нравом или уступчивостью, и это качество закрепилось за ними в официальном документе — переписи или писцовой книге. Никакой тайны или сложной этимологии здесь нет, но зато есть прямая связь с живым русским словом, которое почти исчезло из речи.