Фамилия Мякушенко — яркий пример украинской фамилии с уменьшительно-ласкательным суффиксом, который указывает на прозвище предка. В основе лежит слово «мякуш» или «м’якуш» — так в южнорусских и украинских говорах называли мякиш хлеба, внутреннюю, мягкую часть буханки. Но прозвище Мякуш давали не пекарю, а человеку с мягким, покладистым характером, незлобивому и уступчивому. Это типичный случай, когда внешняя или внутренняя черта становилась именем, а затем и фамилией.

Формант «-енко» — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он означает «маленький», «сын» или «потомок»: Мякушенко буквально — «сын Мякуша» или «маленький Мякуш». Такие фамилии массово закрепились в Левобережной Украине, особенно на Полтавщине, Черниговщине и Слобожанщине, в XVI–XVII веках, когда патронимическая модель стала вытеснять прозвища.

Интересно, что фамилия не связана с ремеслом — в отличие, скажем, от Мякишева или Мягкова, которые иногда возводят к обработке мягких материалов. Мякушенко — чисто характерологическая фамилия. В русских говорах есть параллельные формы: Мякушев, Мякушин, но украинская модель с суффиксом «-енко» указывает на происхождение именно с территории современной Украины.

Встречается фамилия и в Беларуси, но реже. Варианты написания — Мякушенко, изредка Мякушенко с ударением на «у» (хотя чаще на «е»). В дореволюционных документах могла писаться через «ѣ»: Мякушенко. По сословной принадлежности носители фамилии — почти всегда крестьяне или казаки; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Спорных версий немного. Иногда Мякушенко ошибочно связывают с глаголом «мякать» (мять, месить) — но это народная этимология. Прямое значение «мякуш» в говорах устойчиво, и объяснение через характер проще и надёжнее.