Фамилия Мякушева — женская форма фамилии Мякушев, и её происхождение напрямую связано с основой «мяк-», которая в русских говорах имела два значения: «мягкий» и «мякиш» (внутренняя часть хлеба). В отличие от многих фамилий на -ов, где суффикс указывает на принадлежность к отцу, здесь мы имеем дело с прозвищной моделью: Мякуш — так в народе называли человека с мягким, покладистым характером, либо того, кто постоянно ел мякиш, то есть был лакомкой до хлебной сердцевины. Второе значение могло быть ироничным — так дразнили того, кто выбирал мякоть, оставляя корку другим.

Основа «мякуш» (или «мякуша») зафиксирована в северных и центральных русских говорах, где слово употреблялось и как ласковое обращение к ребёнку, и как прозвище добродушного, незлобивого человека. В ономастическом словаре Б. Унбегауна фамилии с корнем «мяк-» отнесены к группе прозвищ, образованных от физических или поведенческих черт. Географически фамилия Мякушев встречается чаще всего в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть на территории бывшего Русского Севера, где диалектная лексика сохранялась дольше, чем в южных регионах.

Интересная деталь: в некоторых местных говорах «мякушой» называли не только хлебный мякиш, но и болотистую, топкую землю — мягкую под ногами. В таком случае прозвище могло получить человек, живший на болотистом участке или занимавшийся осушением торфяников. Однако эта версия менее вероятна: прозвища по месту жительства обычно образовывались через суффикс -янин или -ец (например, «болотник»), а не через уменьшительно-ласкательный -уш.

Социальный состав носителей фамилии в XIX веке был преимущественно крестьянским и мещанским. Дворянских родов Мякушевых не известно — фамилия не попала в «Бархатную книгу» или «Общий гербовник». Это типичная «фамилия-прозвище», которая возникла в низших сословиях и закрепилась через отчество: сына Мякуша стали звать Мякушев, а его дочь или жену — Мякушева. В современной России фамилия остаётся редкой, но не исчезающей — она сохраняется именно в тех регионах, где когда-то было в ходу само слово «мякуш».