Фамилия Мокрушенко принадлежит к распространённому типу украинских фамилий, образованных от личного прозвища с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, изначально означавший «сын» или «потомок», в XV–XVII веках закрепился на территории современной Украины как основной способ формирования наследственных семейных имён. Таким образом, Мокрушенко — это буквально «сын Мокруша», а сама фамилия ведёт начало от прозвища Мокруш.

Что означало это прозвище? В старину Мокрушем называли человека, вымокшего под дождём, упавшего в лужу или искупавшегося в водоёме. Прямой, бытовой смысл — «мокрый, промокший». Однако за таким, казалось бы, простым прозвищем может скрываться несколько разных историй, и ономасты обычно рассматривают их как равноправные версии.

Первая версия связывает прозвище с местом жительства. Мокрушем могли прозвать человека, жившего у воды, на сыром, низинном месте, где постоянно было влажно. Вторая версия — иносказательная: в народе Мокрушем нередко называли любителя хмельных напитков, человека, который «не просыхал». Третья, не менее интересная, версия уводит в дохристианскую эпоху. Мокруш — это древнее славянское личное имя-оберег. Такое имя могли дать ребёнку, родившемуся в сырую погоду, в дождливый день. Здесь важно обратить внимание на народный календарь: имя Мокруш могло быть связано с днём Мокия Мокрого (11 мая по старому стилю) или с Макрининым днём (19 июля). В народе подмечали: дождь на Мокия — к мокрому лету, а дождливый Макринин день предвещает сырую осень. Ребёнок, появившийся на свет в такую пору, вполне мог получить имя Мокруш как отражение приметы.

Наконец, существует и четвёртая, менее очевидная версия: прозвище Мокруш могло быть связано с народным названием растения лютик, которое в некоторых говорах также звали мокрушем. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, жившему среди заливных лугов, где обильно рос этот цветок.

Позже прозвище Мокруш, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. А его потомки, уже носившие фамилию Мокрушенко, разнесли её далеко за пределы первоначальной родины — по всей Украине, а затем и по России, где она встречается и сегодня.