Фамилия Мокунёва — женская форма от Мокунёв, и её разговорное окончание -ёва вместо книжного -ева сразу выдаёт живую народную речь. Такая огласовка типична для северных и центральных русских говоров, где под ударением после мягких согласных отчётливо звучит «ё». Поэтому, даже не зная точного места происхождения семьи, можно предположить, что корни фамилии лежат в диалектной среде, а не в канцелярской записи.

Основа фамилии — прозвище Мокунь. Оно, скорее всего, образовано от глагола «мокать» или прилагательного «мокрый». В русских говорах «мокуней» могли называть человека, который часто мокнет под дождём, работает в сырости или просто отличается медлительностью, «мокрой курицей» — вялым, нерасторопным. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «мокун» — так в некоторых областях называли вид рыбы или насекомого, но эта версия слабее, так как прозвища от названий живности обычно имеют более прозрачную мотивацию (внешнее сходство или повадки).

Суффикс -ев (в форме -ёв) указывает на принадлежность: Мокунёв буквально означает «сын Мокуня» или «человек из семьи Мокуня». Фамилия недворянская, типично крестьянская или мещанская, возникла не раньше XVI–XVII веков, когда такие отчества начали закрепляться как наследственные. Встречается она редко, и это делает её ценной для генеалогии: чем меньше носителей, тем выше вероятность, что все они восходят к одному предку, носившему прозвище Мокунь.

Интересно, что фамилия могла сохранить ударение на последнем слоге — Мокунёва, а не Мокунева. Такое ударение тоже диалектное и встречается, например, в вологодских и архангельских говорах. Если ваши предки оттуда, то прозвище могло быть связано с местным значением слова «мокунь» — «болотистое место» или «топь», то есть человек, живущий у болота. В любом случае, фамилия Мокунёва — не выдумка писаря, а прямое отражение того, как в деревне характеризовали человека по его бытовой особенности.