Фамилия Мокунин — одна из тех, где главная загадка скрыта в корне. Суффикс -ин указывает на типичную русскую патронимическую модель: так образовывали фамилии от личных имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а/-я. То есть в основе лежит слово Мокуня — либо прозвище, либо обиходная форма какого-то канонического имени.

Скорее всего, Мокуня — это производная от имени Мокий (греч. «насмешник»). В крестьянской среде полные имена редко использовали в быту, их сокращали: Мокий превращался в Мокея, а от него — в Мокуню. По этой же модели возникли фамилии Мокеев, Мокин, Мокеичев. Мокунин, таким образом, означает «потомок Мокуни», то есть человека, которого в обиходе звали Мокуней.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В северных и сибирских говорах «мокуня» или «мокун» могли называть человека неопрятного, мокрого, либо того, кто постоянно ходит с мокрыми ногами. Но для прозвища такой смысл слишком узок и бытовой, поэтому имя Мокий остаётся главным кандидатом.

Фамилия редкая. В дореволюционных переписях она встречается в основном на севере европейской части России — в Вологодской и Архангельской губерниях. Там имя Мокий было довольно распространено, особенно среди старообрядцев, которые часто держались за старые святцы. Современные носители фамилии чаще всего живут в Кировской области и в Пермском крае — регионах, куда в XIX веке переселялись северные крестьяне.

Интересная деталь: в документах XVII века встречаются однокоренные фамилии — Мокунов, Мокунков. Они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о живом словообразовании в разных диалектных зонах. Мокунин — один из вариантов, закрепившийся в письменных источниках позже остальных.