Фамилия Мокушина образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность к роду: Мокуша — дочь или жена человека по прозвищу Мокуш. Основа фамилии — Мокуш — редкое и неочевидное слово, но его разбор проясняет, кем мог быть предок.

Скорее всего, перед нами вариант мужского имени Мокей, которое в народной речи приобрело форму Мокуш. Имя Мокей — русская адаптация греческого имени Мокий, означавшего «насмешник» или «пересмешник». В просторечии к основе Мок- добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -уш, что дало Мокуш — «маленький Мокей», «Мокеюшка». Такая модель характерна для северных и центральных говоров: от имени Борис — Боруш, от Илья — Илюш. Фамилии Мокушин, Мокушев, Мокеев — однокоренные, но Мокушина стоит особняком из-за редкого суффикса.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастике: связь с диалектным словом «мокуш» — так в некоторых областях называли мокрую, сырую погоду или человека, который любит мокнуть, работать в воде. Однако в словарях это слово не фиксируется как устойчивое прозвище, а имя Мокей было широко распространено, поэтому версия с личным именем убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-востоку России. Встречается в Нижегородской, Кировской областях и в Пермском крае — регионах, где имя Мокей было в ходу у старообрядцев и крестьян. Социально предки носительницы фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию в XVII–XVIII веках по имени отца.

Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Моку́шина. Написание с буквой «у» в корне — не ошибка, а отражение живого произношения имени Мокей в диалектах, где «о» перешло в «у» под влиянием мягкого согласного.