Фамилия Молдафина — редкий случай, когда географический корень почти очевиден, а вот суффикс заставляет задуматься. Основа «Молда-» напрямую отсылает к исторической области Молдавия (Молдова) или к молдаванам как этносу. Но что интересно: фамилия образована не по самой распространённой модели на -ов/-ев, а с помощью суффикса -ин. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего происходят от основ на -а/-я: если прозвище или имя оканчивалось на гласный, то притяжательное прилагательное звучало как «чей?» — Молдавин, откуда и пошла женская форма Молдафина. Однако в корне всплывает неожиданная замена: вместо «в» мы видим «ф». Это не опечатка, а характерное для простонародного произношения оглушение — «Молдавин» в быстрой речи могло звучать как «Молдафин», а потом закрепилось на письме. Такое встречается в фамилиях, которые фиксировали со слов крестьян или мещан, не всегда грамотно записывая звуки.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии получил прозвище «Молдава» или «Молдавин» — так на Руси называли выходца из Молдавского княжества (историческая Бессарабия и прилегающие земли). В XVI–XVII веках молдавские переселенцы оседали на юге России, в Слобожанщине и на Кубани, нередко поступая на службу к русским князьям или занимаясь скотоводством. Прозвище могло прилипнуть и к человеку, который торговал с молдаванами или перенял их манеру одеваться. Суффикс -ин здесь работает как притяжательный: «сын Молдавы» или «человек из рода Молдавиных».

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от календарного имени Молдав или Молдован — такое имя изредка давали в честь святого, почитаемого в православной Молдавии, но это скорее исключение. В любом случае, Молдафина — не дворянская, а крестьянская или мещанская фамилия, и её редкость говорит о том, что носителей было немного, а род, скорее всего, компактно жил в одном регионе — в южнорусских или украинских губерниях, где пересекались русский и молдавский миры.