Фамилия Молдынова — женская форма фамилии Молдынов. Её основа, скорее всего, связана с тюркским словом «молды»: в казахском и других тюркских языках это прилагательное со значением «сырой», «влажный», «недозрелый» или «зеленый» (о растениях). В переносном смысле «молды» могло относиться к человеку — например, к тому, кто выглядит моложаво, не по годам свеж, или к тому, кто кажется неопытным, «незрелым» в делах. Прозвища по внешнему виду и свойствам характера в тюркской среде были обычным делом.

Словообразовательная модель фамилии стандартна для русского восприятия тюркских основ: корень «Молдын-» (где «-ын» — возможно, притяжательный аффикс, указывающий на принадлежность: «сын Молды» или «из рода Молды») плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Получается буквально «относящийся к Молдыну» или «потомок Молдына». Фамилия могла оформиться в среде крещёных татар, башкир, казахов или других народов, перешедших на русскую систему фамилий в XIX — начале XX века.

Интересная деталь: в некоторых тюркских диалектах «молды» может быть вариантом слова «молда» — так называли грамотного человека, учителя или муллу, особенно в среде казахов. Если это так, то Молдынов — потомок муллы или человека, получившего образование при мечети. Однако это менее вероятная версия: для «молда» обычнее фамилии Молдашев, Молдагалиев, а форма «Молды» скорее указывает на прилагательное.

Географически фамилия Молдынова встречается в основном в регионах с тюркским населением — в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане, а также в Казахстане. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении: вероятно, предок носителя фамилии получил прозвище в одном конкретном селе или роде, и фамилия не распространилась широко за пределы этой группы.

Таким образом, носитель фамилии Молдынова, скорее всего, происходит из тюркской семьи, где предка прозвали «Молды» — за сырость, незрелость, молодость или, реже, за учёность. Фамилия сохранила эту характеристику в виде родового имени.