Фамилия Молдодини — редкая для русского уха, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — итальянский суффикс -ини, который в русской традиции часто передаётся как -ини (или -ини). В Италии этот суффикс указывает на принадлежность к роду или местности, а фамилии на -ини особенно характерны для севера страны, например, для Тосканы или Ломбардии.

Основа фамилии — Молдо- — может восходить к нескольким корням. Самая прямая версия — от итальянского слова moldo, которое является диалектным вариантом molto («много»). В этом случае прозвище Молдо могли дать человеку с заметной чертой характера или внешности: например, очень высокому, сильному или говорливому. Однако есть и более конкретная топонимическая версия: Молдо — это сокращение от названия города или местечка. В Италии существует коммуна Мольдо (Moldo) в регионе Пьемонт, а также деревня Молдоне (Moldone) в Ломбардии. Тогда фамилия Молдодини буквально означает «родом из Мольдо» или «потомок того, кто пришёл из Мольдо».

Интересно, что в России и странах бывшего СССР эта фамилия встречается крайне редко и почти всегда у людей, чьи предки были итальянцами. В XIX — начале XX века в Россию приезжало много итальянских архитекторов, скульпторов, музыкантов и ремесленников. Не исключено, что носитель фамилии Молдодини был одним из них, осевшим в Петербурге, Москве или на юге империи. При этом в самой Италии фамилия не является массовой — она скорее локальная, что подтверждает её происхождение от конкретного топонима.

Словообразовательная модель типична для итальянских фамилий: корень (прозвище или название места) + уменьшительно-родовой суффикс -ини. В русской среде фамилия не склонялась по правилам итальянского языка и закрепилась в мужском роде как Молдодини (неизменяемая). Аналогов среди славянских фамилий у неё нет — это чистый случай итальянской миграции, сохранившийся в документах как редкий ономастический артефакт.