Фамилия Молдокматова женского рода, мужской вариант — Молдокматов. Её происхождение почти однозначно указывает на тюркские корни, скорее всего, киргизские или казахские, и связана она с личным именем или прозвищем. Основа «Молдокмат» распадается на две части: «молдо» и «кмат». «Молдо» в тюркских языках, особенно в Средней Азии, — это не просто «мулла» в религиозном смысле, а уважительное обращение к грамотному, учёному человеку, учителю или писарю. Вторая часть, «кмат», — это искажённая форма арабского имени «Кымат» или «Кимат», что значит «ценность», «дорогой». Таким образом, Молдокмат — это составное имя, которое можно перевести как «учёный-ценность» или «драгоценный мулла». Такие двухкомпонентные имена были распространены как пожелание ребёнку ума и значимости.

Суффикс «-ов(а)» в фамилии — классический русский патронимический формант, который добавили при адаптации тюркского имени в русскую официальную систему. В XIX–XX веках, при включении кочевых народов в имперскую администрацию, фамилии часто образовывали именно так: брали имя отца и прибавляли суффикс. То есть Молдокматов — буквально «сын Молдокмата». Женская форма на «-а» стандартна для русской грамматики.

Географически фамилия Молдокматова наиболее вероятна для Кыргызстана, реже встречается у казахов и узбеков. Внутри России её носители — это, скорее всего, потомки мигрантов из Средней Азии, осевших в приграничных регионах или крупных городах. Уникальная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, где компонент «молдо» слился с именем в одно слово, здесь он сохранил ударение на первом слоге, что выдает именно киргизскую произносительную норму. В казахском варианте чаще встречается форма «Молдакмат» с другим гласным.

Сословного барьера фамилия не имела: «молдо» мог быть как сельским учителем, так и уважаемым аксакалом, не обязательно духовным лицом. Предки носителей фамилии, скорее всего, были из среды оседлых или полуоседлых скотоводов, где грамотность ценилась высоко. Других версий происхождения, кроме как от личного имени-композита, у фамилии нет — все попытки связать её с географическими названиями или этнонимами маловероятны из-за конкретной семантики «молдо».