Фамилия Молдырева — женская форма от мужской фамилии Молдырев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Молдырь. Чтобы понять его происхождение, нужно разобраться в словообразовательной модели: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Молдырев), а корень молд- здесь звучит нехарактерно для исконно русских слов.

Вероятнее всего, фамилия тюркского происхождения. В тюркских языках корень moldy или moldyr может означать что-то влажное, сырое, отсыревшее (сравните с татарским «молдыр» — мокрый, сырой). Прозвище Молдырь могли дать человеку с влажной кожей, живущему в сырой местности или занимающемуся промыслом, связанным с водой. Встречаются и другие версии: от тюркского «молда» (грамотей, мулла), тогда Молдырь — это уменьшительная форма, вроде «учёный мальчик» или «сын муллы». Эта версия менее вероятна, так как суффикс -ырь не характерен для уменьшения имени муллы, но полностью исключать её нельзя.

Географически фамилия Молдырев (и Молдырева) привязана к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Урал, юг Сибири. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир, что говорит о давнем межэтническом контакте. Интересная деталь: в некоторых говорах «молдырь» могло быть диалектным словом, означающим «лентяй» или «неповоротливый человек» — это местная русская адаптация тюркского заимствования, которая со временем закрепилась как прозвище.

Фамилия редкая, не относится к числу массовых. В дворянских родословных книгах она не фиксируется, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение носителей. Предки Молдыревых, скорее всего, были вольными землепашцами или служилыми людьми по прибору (казаки, стрельцы) в пограничных зонах, где контакт с тюркскими народами был обычным делом.