Фамилия Молгалиева — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ, здесь основа тюркская, а суффикс указывает на определённый регион происхождения.

Словообразовательная модель проста: основа «Молгал» + суффикс -иев- (фонетический вариант -ев-) + окончание -а. Фамилия заканчивается на -ева, что характерно для русской грамматики, но сама основа — не славянская. Суффикс -иев- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов- или -ин, и часто сигнализирует о поздней русификации иноязычной фамилии или о происхождении из среды, где были распространены фамилии на -иев (например, у крещёных татар или народов Поволжья).

Ключ к пониманию — топоним Молгалы. В Западном Казахстане (Атырауская область) есть село Молгалы, а в Актюбинской области — река Молгалы. Название восходит к тюркскому «молга» — «глухой, тихий», что могло относиться к спокойной реке или глухому месту. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из местности с таким названием. Фамилия образована по принципу «человек из Молгалов»: к названию села или реки добавили русский суффикс принадлежности. Такую модель называют «топонимической фамилией», и она типична для казахов, башкир и татар, чьи фамилии оформлялись по русскому образцу в XIX — начале XX века.

Мужская форма — Молгалиев. Встречается она преимущественно в Атырауской, Актюбинской и Западно-Казахстанской областях Казахстана, а также среди казахской диаспоры в России. В русских метрических книгах фамилия не фиксируется — это верный признак того, что её носители не были этническими русскими, а получили фамилию в процессе интеграции в имперскую административную систему.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла произойти от личного имени Молгалы (уменьшительная форма от Мухаммедгали через стяжение). Но в тюркской ономастике такие имена редки, а вот топоним Молгалы документально подтверждён и даёт более надёжное объяснение. Фамилия Молгалиева — не про профессию или характер предка, а про малую родину, откуда пошёл род.