Фамилия Молодченко образована по модели, характерной для украинских и южнорусских фамилий: суффикс -енко изначально означал «сын» или «потомок». Поэтому буквальное прочтение фамилии — «сын Молодчего». В основе лежит прозвище Молодчий, которое восходит к прилагательному «молодой». Однако за этим простым корнем скрывается несколько разных значений, и прозвище могли дать по разным причинам.

Чаще всего Молодчим нарекали удалого, храброго и бодрого молодого человека. В этом смысле прозвище подчеркивало не столько возраст, сколько характер: ловкость, статность, сметливость. В некоторых говорах Молодчим называли сельского волокиту, а слово «молодой» в ряде диалектов имело значение «нестарый холостяк». Таким образом, прозвище могло указывать и на семейное положение предка.

Есть и третья версия, связанная с родом занятий. В отдельных говорах Молодчим называли прислужника, помощника, полового. Если предок работал в трактире или прислуживал в богатом доме, такое прозвище могло закрепиться за ним и перейти к детям. Из-за многозначности исходного слова точно сказать, какое именно качество или занятие дало начало фамилии, сложно, но версия о «молодцеватом» человеке выглядит наиболее естественной.

Прозвище Молодчий, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Фамилия Молодченко закрепилась за потомками, и сегодня она встречается преимущественно на Украине и в южных регионах России, что соответствует ареалу распространения фамилий на -енко.

Интересно, что в Книге памяти Омской области упоминается Молодченко Иван Максимович, родившийся в 1886 году в Люблинской губернии. Он работал первым помощником начальника 4 участка тяги Омской железной дороги. Этот факт показывает, что к началу XX века фамилия уже широко разошлась по стране и встречалась даже в Сибири, куда носители фамилии могли перебраться в ходе переселенческих движений.