Фамилия Молодчинина — это женская форма, а её мужской вариант — Молодчинин. В центре внимания здесь необычный суффикс -ин, который в русской ономастике обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Молодчинин, то есть сын или потомок Молодчины. Сама основа восходит к прозвищу или нецерковному имени Молодчина.

Корень здесь — «молод», но не в смысле возраста. В древнерусском языке слово «молодчина» (или «молодчик») имело два основных значения. Первое — «удалец», «смельчак», «добрый молодец» из былин и сказок, человек, который отличается отвагой и силой. Второе значение, более прозаичное, — «наёмный работник», «батрак» или «подручный мастера». В ремесленных артелях и крестьянских хозяйствах «молодчиной» называли взрослого, но неженатого помощника, который ещё не обзавёлся своим домом. Таким образом, прозвище Молодчина мог получить как лихой парень, так и работящий подмастерье.

Словообразовательная модель фамилии не совсем типична. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Молодчина → Молодчинин), но здесь основа заканчивается на -ин, что даёт редкий двойной суффикс. Это могло возникнуть, если первоначальное прозвище было Молодчиня (с мягким окончанием) или если фамилию фиксировали в северных говорах, где такие формы встречаются чаще. Географически фамилия Молодчинин (и Молодчинина) тяготеет к северу и северо-востоку России — к Вологодской, Архангельской, Кировской областям, где суффикс -ин особенно распространён и где хорошо сохранились архаичные прозвища.

Стоит отличать эту фамилию от более массовой Молодцов (от «молодец») или Молодчиков (от «молодчик»). Молодчинин — более редкий, патронимический вариант, который буквально отвечает на вопрос: «Чей ты будешь?» — «Молодчинин», то есть из рода того самого Молодчины, удалого или работящего предка.