Фамилия Молодоря — редкая и нестандартная для русского уха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые указывают на принадлежность («чей сын?»). Перед нами так называемая «застывшая» форма, которая в большинстве случаев восходит к прозвищу или имени в именительном падеже. Проще говоря, предка могли звать (или дразнить) Молодорей, и это прозвище закрепилось за его потомками без изменений.

Разберем основу. Корень «молод-» очевидно отсылает к слову «молодой». Вторая часть — «-оря» — нестандартна. Вероятнее всего, это суффикс, который в украинском или южнорусском говоре мог придавать слову оттенок носителя признака или деятеля. Сравните с диалектными прозвищами вроде «Худоря» (худой человек) или «Голодоря». Таким образом, Молодоря — это «молодой человек», «юнец», но с экспрессивной, возможно, ироничной окраской. Прозвище могли дать молодому парню, который, например, рано женился или взялся за взрослое дело, а окружающие подшучивали над его возрастом.

С географической привязкой сложно из-за редкости фамилии. Но модель «чистая основа без суффикса принадлежности» характерна для украинской и белорусской ономастики, а также для юга России. Если фамилия встречается, то скорее в этих регионах. В официальных документах XIX века такую фамилию могли записать без изменений, как прозвище, — это типично для казачьих или крестьянских сред, где фамилии еще не устоялись окончательно.

Менее вероятная, но возможная версия — искажение при переписи. Фамилия могла быть первоначально Молодорев или Молодорин, но из-за акающего произношения или ошибки писаря потеряла конечный суффикс. Однако в таком случае мы бы чаще встречали варианты с -ев, а их нет. Поэтому версия с прямым прозвищем остается основной.

Коротко: фамилия Молодоря — это прямое прозвище, означавшее «молодой, юный человек». Она обошлась без типичных русских фамильных суффиксов, что указывает на южнорусское или украинское происхождение предков. Носитель такой фамилии может с высокой долей уверенности считать, что его предок был известен в своей общине именно своей молодостью — либо как возрастная характеристика, либо как насмешливое прозвище.