Фамилия Мологонцева — женская форма, а мужская, Мологонцев, принадлежит к числу русских фамилий, образованных от прозвища. В основе лежит слово «мологон» или «молокогон». Так в северных и центральных говорах называли человека, который сбивал масло, перерабатывал молоко или, в более широком смысле, торговал молочными продуктами. Суффикс -ец- в прозвище (Мологонец) указывал на человека по его занятию, а затем фамильный суффикс -ов- закрепил за потомками: «чей?» — Мологонцев.

Интереснее здесь не столько корень, сколько редкая огласовка. Вместо привычного «молокогон» (от «молоко» и «гнать») мы видим «мологон» — с выпадением согласного «к» и стяжением гласных. Это характерно для живой, разговорной речи: слово упростили, чтобы произносить быстрее. Такая форма встречается в документах XVI–XVII веков, особенно в новгородских и вятских землях. Например, в переписных книгах можно найти крестьянина Мологонца, что подтверждает: прозвище было не единичным, а типовым для молочного промысла.

По модели образования фамилия Мологонцев близка к Бортникову или Скорнякову — все они указывают на ремесло предка. Но если бортник — собиратель мёда, а скорняк — кожевник, то молокогон занимался именно переработкой молока: пахтал масло, варил творог, сыр. В условиях русского Севера, где коров держали почти в каждом дворе, такой человек был нужен — он не просто кормил семью, но и вёл небольшой товарный обмен на ярмарках.

Географически фамилия привязана к северо-западу России. В XIX веке Мологонцевы чаще всего встречались в Вологодской, Олонецкой и Архангельской губерниях. Позже, с переселениями, часть носителей оказалась в Сибири, но ядро осталось на Русском Севере. Это объясняет, почему фамилия не стала массовой: она локальна и тесно связана с крестьянским бытом.

Спорных версий происхождения практически нет. Иногда пытаются связать фамилию с рекой Мологой (приток Волги) или городом Молога, но для этого потребовалась бы основа «Мологский», а не «Мологонцев». Фонетически и словообразовательно связь с молоком и глаголом «гнать» (в значении «перегонять, сбивать») гораздо убедительнее. Так что предок современного носителя фамилии, скорее всего, не имел отношения к утонувшему городу, а был простым мастеровым человеком, работавшим с молоком.