Фамилия Мологин почти наверняка отталкивается от названия реки Мологи, левого притока Волги, и одноименного города, стоявшего в месте их слияния. Основатель рода, скорее всего, перебрался оттуда на новое место, и земляки закрепили за ним прозвище по родной стороне: мологский, мологин — то есть выходец с Мологи.

Город Молога — не просто точка на карте, а целый пласт русской истории. Он известен с XIII века, а к XV столетию превратился в крупный торговый центр, стоявший на оживленном волжском пути. Для предков Мологиных это означало одно: их фамилия звучала как знак принадлежности к месту с богатой и деятельной биографией. Но в начале 1940-х годов, после сооружения Рыбинской ГЭС, город ушел под воду Рыбинского водохранилища. Так что фамилия Мологин сегодня — один из немногих живых следов этого затопленного мира, осколок памяти о реальной географической точке, которой больше нет на карте.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа Молог- плюс типичный русский суффикс -ин. Такая модель чаще всего указывает на принадлежность: «сын человека из Мологи» или «тот, кто с Мологи». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые обычно строятся от личных имен или прозвищ, суффикс -ин в данном случае работает именно с топонимом, подчеркивая территориальное происхождение, а не черту характера или занятие.

Впрочем, есть и другая, более редкая версия. Некоторые исследователи допускают, что в основе фамилии могло лежать не название реки, а древнерусское слово, связанное с влагой, сыростью, мокрым местом. Но здесь она выглядит слабее: слишком сильна и очевидна связь с конкретным, исторически значимым топонимом, который к тому же дал жизнь целому ряду однокоренных фамилий — Мологов, Моложанинов, Моложский.

Сословной привязки у фамилии не прослеживается: Мологины могли быть и крестьянами, перебравшимися в другие губернии в поисках земли, и купцами, и служилыми людьми. География расселения рода широкая, но корень один — верхневолжские земли, где река и город когда-то были единым целым. Сегодня Мологиных можно встретить по всей России, но каждый раз эта фамилия отсылает к той самой затопленной колокольне и ушедшей под воду торговой площади, о которых напоминает лишь в названии.