Фамилия Мологина почти наверняка связана с рекой Мологой — левым притоком Волги, который сегодня впадает в Рыбинское водохранилище. Но чтобы понять, как именно возникла фамилия, стоит разобраться, от чего отталкивались наши предки: от названия реки или от имени города, который стоял в её устье.

Город Молога известен с XIII века, а в XV столетии он превратился в крупный торговый центр. В начале 1940-х годов, после строительства Рыбинской ГЭС, город попал в зону затопления и прекратил существование. Сегодня о нём напоминает лишь название реки да фамилии вроде Мологиных, которые разъехались по стране задолго до трагедии.

Скорее всего, основатель рода получил прозвище Молога по месту прежнего жительства — так в старину называли выходцев из конкретной местности. Переехав в другой край, человек оставался «Мологой» для новых соседей, а его дети уже записывались Мологиными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мологин — это «сын Мологи», «человек из семьи Мологи».

Впрочем, возможен и другой путь. В говорах слово «молога» могло означать что-то связанное с молодостью, свежестью — например, молодую поросль или низкое сырое место, где такая поросль растёт. Но эта версия менее убедительна: слишком уж известен и значим был город Молога, чтобы прозвище возникло независимо от него. Торговый люд из Мологи расселялся по ярмаркам и городам, оставляя память о своей родине в фамилиях.

Интересно, что фамилия сохранила память о месте, которого больше нет на карте. Мологины — редкий случай, когда фамилия стала живым напоминанием о затопленном городе, его церквях, домах и торговых рядах.