Фамилия Мологины почти наверняка образована от названия местности, а не от личного имени или прозвища. В основе лежит топоним Молога — так назывался левый приток Волги, а также город, стоявший в месте его впадения в великую реку. Такой способ именования типичен для древнейшей пласта славянских фамильных прозвищ: человек, переселившийся из одного края в другой, получал прозвание по месту своего прежнего жительства, и оно закреплялось за его потомками.

Поселение Молога известно с XIII века, а к XV столетию оно превратилось в крупный торговый центр. Город стоял на перекрёстке водных путей, что делало его заметным узлом экономической жизни Верхневолжья. Однако в начале 1940-х годов, при строительстве Рыбинской ГЭС, историческая территория города ушла под воду Рыбинского водохранилища. Сегодня о Мологе напоминают разве что карты да музейные экспонаты, но память о ней сохранилась, в том числе, в фамилиях.

Фамилия Мологин (в форме множественного числа — Мологины) — это классическая модель притяжательного прилагательного с суффиксом -ин. Такой суффикс в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: чей? — мологин, то есть сын, потомок человека, связанного с Мологой. Если бы фамилия образовалась от прозвища, основанного на реке или городе, мы бы ожидали скорее форму Мологов или Моложский, но вариант с -ин говорит о том, что исходным для предка было не столько название объекта, сколько прозвание «Молога» — так могли называть выходца из этих мест.

Точное время возникновения фамилии определить сложно: процесс закрепления фамилий у разных сословий растянулся на столетия. Можно лишь предположить, что родоначальник Мологиных покинул родные берега до затопления города, а возможно, и задолго до него — например, в период расцвета мологской торговли в XV–XVI веках. Впрочем, фамилия могла оформиться и позже, когда переселенцы из затопленных или просто удалённых деревень Мологского уезда разъезжались по всей России.

Сегодня фамилия Мологины встречается нечасто, что неудивительно: она прочно привязана к конкретному, почти исчезнувшему топониму. Но именно эта редкость делает её ценным памятником славянской письменности и культуры — живым напоминанием о городе, которого больше нет на карте, но который продолжает существовать в памяти людей и в их родовых именах.