Фамилия Мололкин образована от прозвища Мололка. Оно ведет свое начало от глагола «молоть», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «растирать, мозжить треньем и гнетом, обращать что-либо в крупку, в муку, в порошок, особенно посредством жерновов». Вероятно, прозвище Мололка относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть мельником. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мололка, со временем получил фамилию Мололкин.