Фамилия Мололканова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного корня, который сразу укажет на занятие или имя предка. Главная трудность — основа «мололкан-». Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычного прозвища или имени.

Наиболее вероятная версия: фамилия восходит к тюркскому или кавказскому имени Мололкан (или Малалкан). В тюркских языках «моло» может означать «скот» или «богатство», а «кан» — «кровь», «род», «хан». В сложных именах «кан» часто выступает как компонент со значением «князь», «правитель» или «родственник». Таким образом, Мололкан могло быть личным именем со значением «богатый родом» или «князь скота» (в смысле владелец больших стад). Фамилии на -ов/-ев от таких имён — обычное дело у народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии при переходе на русскую систему фамилий.

Менее убедительная версия — связь с русским глаголом «молотить» или словом «молоко». От «молотить» ожидалась бы фамилия Молотилков или Молотков, а от «молоко» — Молочников или Молоканов. Форма «Мололканов» не вписывается в словообразовательные модели этих корней. Версия с «молоканами» (секта) тоже отпадает: исторические фамилии молокан — Молоканов, а не Мололканов.

Обратите внимание на суффикс -анов. Он характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я: Иван — Иванов, Степан — Степанов. Если исходное имя было Мололкан, то притяжательное прилагательное звучало бы как «Мололканов сын» — отсюда и фамилия. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Мололка́нова.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в регионах с тюркским или кавказским населением: в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане, а также в Ставропольском крае. Это косвенно подтверждает версию о восточном происхождении. Носители фамилии, вероятно, потомки людей, носивших личное имя Мололкан, которое после крещения или перехода в православие закрепилось как фамильное прозвище.