Фамилия Моложен — редкая и сбивающая с толку. На первый взгляд она похожа на отчество от имени Моложа, но такого имени в святцах нет, и в быту оно не встречалось. Скорее всего, перед нами не отчество, а прозвище, превратившееся в фамилию, причём прозвище, связанное с местностью.

В основе лежит слово «молога» или «моложа». В русских говорах так называли мелководье, заводь, тихое место у реки, а иногда и саму небольшую речку. Человек мог получить прозвище Моложа, если жил у такой заводи или на реке Мологе — известном притоке Волги. Суффикс -ен в фамилии — редкий. В отличие от стандартных -ов/-ев или -ин, он указывает на краткую форму прилагательного или на украинское влияние. Фамилия Моложен могла означать «сын Мологи» или «человек с Мологи», но с усечением окончания, как это делали в южнорусских и украинских землях: Моложенко — Моложен. Впрочем, окончание -ен встречается и в белорусской традиции.

Есть и другая, более прозаичная версия: фамилия могла произойти от глагола «молозить» — говорить невнятно, бормотать, или от слова «молозь» — молодое, незрелое. Если так, то Моложей прозвали не слишком разговорчивого или неопытного человека. Эта версия слабее, потому что глагол редкий и локальный, а гидроним Молога и производные от него фамилии (Мологин, Моложавин) встречаются гораздо чаще.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Тверская, Новгородская, Вологодская области — те самые края, где протекает река Молога. Там же, кстати, находился знаменитый город Молога, затопленный в 1940-х годах. Возможно, предки носителя фамилии были выходцами из тех мест или жили на берегу этой реки. Морфологически фамилия стоит в мужском роде и не склоняется по падежам как типичная русская фамилия на согласный, но её редкий суффикс выдаёт нестандартное происхождение — скорее всего, из прозвища, а не из крестильного имени.