Фамилия Моложенкова — женская форма фамилии Моложенков, и её разумнее разбирать через мужской вариант, поскольку именно от него образована основа. В центре внимания здесь не столько корень, сколько редкая словообразовательная модель, сразу отличающая фамилию от массы похожих.

Фамилия Моложенков явно восходит к прозвищу или профессии, связанной со словом «молоко». Но суффикс -енков (а не -ов или -ин) указывает на нестандартный путь образования. Чаще всего фамилии на -енков (как и на -енко) характерны для украинской или южнорусской традиции, где -енко означало «сын» или «потомок». В русском варианте -енков — это обрусевшая форма украинской фамилии на -енко: Моложенко → Моложенков. То есть предок носителя фамилии мог быть выходцем с территории современной Украины или южных областей России, где фамилии на -енко обычны, а при переселении в центральные или северные регионы окончание русифицировали, добавив -ов.

Сама основа «Моложен» — скорее всего, прозвище. Вариантов несколько: от «моложеный» (то есть пареный, томлёный в молоке — так могли называть любителя молочных блюд или человека, занимавшегося приготовлением топлёного молока). Другая версия — от диалектного «моложа» или «моложея» (молодой, незрелый человек), но это менее вероятно, так как суффикс -ен- в прозвище редко образуется от прилагательного. Самое правдоподобное: прозвище Моложеня или Моложен — человек, связанный с молочным хозяйством: пастух, скотник, продавец молока, сыровар. В русских говорах слово «моложенник» фиксировалось как «тот, кто делает молочные продукты».

Географически фамилия Моложенков встречается нечасто, но прослеживается в нескольких регионах: в Курской, Белгородской областях (здесь исторически сильна украинская топонимика и фамилии на -енко), а также в Поволжье, куда переселенцы приносили свои прозвания. Встречаются единичные упоминания в документах XIX века среди крестьян и мещан — сословной привязки нет, фамилия недворянская, что типично для «молочных» прозвищ.

Таким образом, Моложенкова — это фамилия, которая рассказывает о предке, скорее всего, выходце с юга, занимавшемся молочным делом, и чью фамилию привели к русскому стандарту через добавление -ов. В отличие от распространённых Молочниковых или Молоковых, эта форма сохраняет редкий суффикс, указывающий на региональное происхождение.