Фамилия Моложенко в ее нынешнем виде — это типичная украинская или южнорусская фамилия, образованная по модели «прозвище + патронимический суффикс -енко». Такой суффикс в старину означал «сын такого-то» или «потомок такого-то», поэтому дословно фамилию можно перевести как «сын Мологи» или «из рода Моложа». Сама основа, прозвище Моложа, и есть ключ к разгадке.

В основе прозвища Моложа лежит прилагательное «моложавый» — так называли человека, который молодо выглядел даже в преклонном возрасте. Вероятно, прозвище указывает на особенности внешности предка: его могли прозвать Моложей за свежий цвет лица и бодрость, не соответствующую годам. Это самая простая и прозрачная версия, которая хорошо объясняет, почему прозвище закрепилось за человеком и перешло к детям.

Однако не исключено, что прозвище Моложа восходит к глаголу «моложить» — «молодить», то есть подслащивать напитки. Можно предположить, что предок обладателя фамилии Моложенко занимался изготовлением вина, пива или медовых напитков. В таком случае Моложа относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род занятий человека. В старину такие прозвища были распространены повсеместно: человека могли назвать по ремеслу, и это имя прилипало к нему на всю жизнь, а затем переходило к наследникам.

Согласно еще одной версии, фамилия Моложенко образована от мирского имени Моложай, связанным со словом «моложить», которое в некоторых говорах означало «омрачаться, становиться пасмурным». Возможно, Моложаем родители назвали ребенка, родившегося в ненастную погоду. Эта версия менее очевидна, но не лишена оснований: в народной традиции часто давали имена по обстоятельствам рождения или по состоянию природы в этот день.

Позже прозвище Моложа, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так и закрепилась фамилия Моложенко. Стоит заметить, что в украинской традиции фамилии на -енко массово формировались в XV–XVII веках, поэтому род Моложенко, скорее всего, имеет давнюю историю, уходящую корнями в казацкую или крестьянскую среду. Среди однокоренных фамилий можно вспомнить Моложавый, Моложеев, Моложай — все они так или иначе связаны с тем же корнем, но Моложенко выделяется именно четкой украинской моделью образования.