Фамилия Моляничева — женская форма фамилии Моляничев. В её основе лежит прозвище или имя, образованное от слова «молян» или «моляной». В русских говорах «молян» означало человека, который много и усердно молится, богомольца. Такое прозвище могли дать набожному крестьянину, страннику или церковному служке. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «моляной» — это тот, кто просит, клянчит, то есть назойливый попрошайка. Оба значения возможны, но первое (связанное с молитвой) более распространено в ономастике.

Словообразовательная модель типична для центральной России: суффикс «-ичев» указывает на принадлежность к роду. Моляничев — сын Молянича, а Молянич — уменьшительная форма от того же прозвища Молян. Суффикс «-ич» в фамилиях встречается реже, чем «-ов» или «-ин», и обычно привязывает носителя к определённой местности — чаще к южнорусским или белорусским землям, где такие формы живучи. Однако в фамилии Моляничев «-ичев» появился уже на стадии оформления фамилии в XVI–XVII веках, когда патронимические суффиксы смешивались.

По сословной принадлежности предки Моляничевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не встречается в списках дворянских родов и не имеет книжного происхождения от церковных имён. Она образовалась в народной среде, где прозвища давали по поведению или роду занятий. Интересно, что однокоренные фамилии (Молянов, Молянцев) встречаются в архивах Вологодской и Костромской губерний, что указывает на возможный ареал бытования — северо-восток Европейской России.

В написании фамилии возможна вариативность: «Моляничев» и «Моляничева» — норма для русского языка, но в старых документах встречается «Маляничев» (с «а» в корне) из-за акающего произношения. Такая нестабильность характерна для фамилий, которые долго бытовали в устной речи и лишь потом были записаны при переписях.