Фамилия Моногенов — редкий пример книжного, искусственного происхождения. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от прозвищ, профессий или крестильных имён, эта фамилия ведёт родословную от греческого слова «μονογενής» (моногенис) — «единородный», «единственный в своём роде». В православной богослужебной традиции это слово хорошо знакомо каждому верующему: тропарь «Единородный Сыне» начинается именно с этого эпитета по отношению к Иисусу Христу. Скорее всего, фамилию получил выпускник духовной семинарии или академии — так называемые «семинарские» фамилии часто давали за успехи в учёбе или просто по красивому звучанию греческого корня.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель патронимической фамилии (буквально «чей?» — из рода Моногеновых). Однако в основе лежит не имя, а богословский термин, что сразу выделяет Моногеновых из ряда фамилий, образованных от бытовых прозвищ. Аналогичные примеры — Троицкий (от Троицы), Воскресенский, Рождественский, но Моногенов пошёл по более редкому пути: не через прилагательное на -ский, а через прямое заимствование греческого слова с последующей русификацией.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям Российской империи, где были сильны духовные училища. Встречается она крайне редко — в дореволюционных адрес-календарях Моногеновы значатся как священно- и церковнослужители, реже как учителя церковно-приходских школ. Никакой связи с греческой национальностью или «моногенностью» в смысле генетики здесь нет: это чисто искусственное образование, созданное за письменным столом семинарского начальства.

Важно не путать фамилию с похожей по звучанию, но совершенно другой по смыслу фамилией Монагенов (от англ. monaghan — ирландская фамилия или топоним) или Моногарьев (от имени Моногар — редкое кавказское имя). Моногенов — стопроцентный продукт русской духовной школы, и её носители почти наверняка были потомками священников, дьяконов или псаломщиков, получивших «говорящую» фамилию при поступлении в училище.