Фамилия Моргацький не входит в число распространённых русских фамилий и имеет отчётливые черты, указывающие на её западнославянское или украинское происхождение. В первую очередь об этом говорит суффикс -цьк-, который является фонетическим вариантом суффикса -ск- после корня на задненёбный согласный. В украинском языке это регулярное явление: «к» перед -ск- переходит в «ць». Если бы фамилия образовывалась в великорусской традиции, она звучала бы как Моргацкий или Моргачский, но написание через мягкий знак и «а» под ударением указывает именно на украинскую или польскую адаптацию.

Основа фамилии — «морга́ць» или «морга́ти». В украинском языке «моргати» означает «мигать», «подмигивать», «щуриться». Соответственно, прозвище Морга́ць могли дать человеку, который часто моргал, имел привычку щуриться или обладал живым, бегающим взглядом. Такие прозвища по характерному движению или физиологической особенности — один из древнейших пластов славянской антропонимии. В польском языке есть близкий глагол «mrugać» (моргать), и фамилия Моргацкий (Morgacki) там тоже встречается, хотя и редко.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает основу с диалектным словом «морга» — «межа», «граница» или «небольшой участок земли». В таком случае Моргацький мог означать «живущий у межи» или «владеющий наделом». Однако эта трактовка спорна, потому что в украинских говорах слово «морга» в значении «участок» встречается редко и чаще фиксируется в польском (morga — единица площади). Основной, «мигательной» версии это не отменяет, но добавляет контекст: предки могли быть крестьянами, получившими прозвище по земельному наделу, а не по манере поведения.

Сословно фамилия на -цький в украинской среде чаще всего указывала на шляхетское происхождение (по модели польских фамилий на -ski), но в реальности такие фамилии носили и казаки, и мещане, и крестьяне. В Российской империи фамилию Моргацький могли писать через «ий» или «ый», а в советских документах — уже в стандартной форме. Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины (Волынь, Подолье, Галичина) и к югу Беларуси, где также распространено «моргати» в значении «мигать».

Таким образом, Моргацький — это фамилия-прозвище по действию или привычке, оформленная по украинской словообразовательной модели. Её носитель в прошлом мог быть человеком с выразительной мимикой или, реже, владельцем земельного надела. В любом случае, фамилия редкая и несёт в себе живую черту внешности или быта, а не абстрактное географическое название.