Фамилия Морходоев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного суффикса -ов от имени или прозвища на -о, что сразу настораживает. Если отбросить окончание -ев, остаётся основа «Морходой». Слово не похоже на славянское — скорее всего, это тюркское или монгольское имя или прозвище.

Здесь возможны две основные версии, и обе ведут в восточные земли — в Сибирь или Забайкалье, где русские фамилии нередко возникали из бурятских, якутских или тунгусских имён. Первая: основа «Морходой» могла быть личным именем или прозвищем. В тюркских языках «мор» или «мур» часто связано с конём (ср. монгольское «морь» — лошадь), а «ходой» — возможно, вариант слова «худой» или «куды» (судьба, дорога). Тогда Морходой — «конный путник» или «человек с лошадью». Вторая, более конкретная: фамилия могла возникнуть от бурятского родового имени. В Бурятии есть род Морходой — по данным некоторых этнографических источников, это один из древних отоков (племенных групп) хори-бурят. Если так, то Морходоев — не прозвище, а прямое указание на принадлежность к этому роду: «сын Морходоя».

Суффикс -ев, а не -ов, тоже говорит о многом. В русской ономастике -ев присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й. В фамилиях тюркского и монгольского происхождения, где исходное слово оканчивалось на -й (Морходой), русские писцы часто давали форму на -ев, а не на -ов. Это типично для Сибири: ср. Бадмаев, Доржиев, Цыренов — все из бурятских имён.

Географически фамилия Морходоев почти наверняка привязана к Иркутской области, Бурятии или Забайкалью. Встречается она крайне редко, и это дополнительный аргумент в пользу локального, родового происхождения. Массового распространения по России у неё нет — носители, скорее всего, потомки одного рода, который когда-то принял православие и получил фамилию по имени предка. Сословная принадлежность могла быть разной: от казаков до крестьян-старожилов, но в любом случае предки жили на восточных окраинах империи, в зоне культурного контакта русских и коренных народов Сибири.