Фамилия Морходоева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного славянского корня, который сразу подсказал бы значение. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по частям и обратиться к языкам народов, исторически живших на территории России.

Основа фамилии — «Морходой». Скорее всего, это не русское, а тюркское или монгольское имя или прозвище. В тюркских языках корень «мор» или «мур» часто связан с понятиями «печать», «знак», «клеймо» (сравните с татарским «мөр» — печать). Вторая часть — «ходой» — может восходить к тюркскому «хода» или «худа» (господин, хозяин, бог) либо к монгольскому «хойд» (север). Таким образом, «Морходой» могло означать «господин с печатью» или «северная печать» — прозвище, данное человеку по роду занятий (например, чиновнику, ставившему клейма, или хранителю печати) либо по месту жительства.

Суффикс «-ев» в окончании фамилии (Морходоев, Морходоева) — типичный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Морходоев, то есть сын или потомок Морходоя. Окончание «-а» у женского варианта фамилии — стандартное русское грамматическое оформление. Это говорит о том, что фамилия формировалась уже в русской языковой среде, скорее всего, в регионах активного контакта с тюркскими или монгольскими народами — в Поволжье, на Урале, в Сибири или в Забайкалье.

Отсутствие фамилии в массовых списках дворянства и купечества, а также её редкость указывают на крестьянское или казачье происхождение. Предки Морходоевых могли быть служилыми людьми, ясачными крестьянами или казаками, получившими прозвище от местного населения. Встречаемость фамилии в современных базах крайне низкая, что делает её ценной для семейной истории: каждый носитель — часть небольшого, но уникального родового древа с вероятными корнями в тюрко-монгольском мире.