Фамилия Моркунас звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно для тех, кто знаком с литовской антропонимией. Это типичная литовская фамилия, образованная по продуктивной модели с суффиксом -ас (-as). В литовском языке этот суффикс — стандартный показатель мужского рода в фамилиях, аналогичный русским -ов/-ев или -ин. Следовательно, Моркунас — это исходная литовская форма, а не русифицированный вариант.

Основа фамилии — слово morka, что по-литовски значит «морковь». Суффикс -ūnas (в русской передаче — -унас) указывает на принадлежность или характерный признак. В прямом значении Моркунас — это «морковный», «тот, кто связан с морковью». Чаще всего такие фамилии в Литве давали по прозвищу. Прозвище могло относиться к огороднику, торговцу овощами или просто к человеку с рыжеватыми волосами — по цвету моркови. Встречается и другая, менее вероятная версия: что основа восходит к диалектному литовскому слову marka («грязь», «тина»), но она не находит серьёзной поддержки в ономастике, так как фамилия с корнем morka гораздо более распространена и логична.

В русском языковом контексте фамилия Моркунас — редкая. Она не входила в состав традиционных русских фамилий и не подверглась адаптации через суффиксы -ов или -ин, как это случилось, например, с фамилией Морковкин. Это говорит о том, что носители фамилии, скорее всего, происходят из числа литовцев или литвинов (жителей Великого княжества Литовского), которые сохранили исконную форму фамилии при переходе в русскоязычную среду. В дореволюционных метрических книгах западных губерний Российской империи (Ковенской, Виленской) фамилия Моркунас встречается, но нечасто.

С точки зрения социального контекста, прозвище «морковный» не указывает на знатное происхождение. Это фамилия крестьянского или мещанского сословия, отражающая бытовую наблюдательность — цвет волос, род занятий или даже шутливую характеристику. Сегодня фамилия сохраняется преимущественно в Литве и среди литовской диаспоры, а в России её носители — потомки переселенцев или ассимилировавшихся литовцев.