Фамилия Моркин — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Моркин, то есть сын или потомок Морки. Но вот что скрывается за основой «Морк-» — вопрос, на который нет одного ответа, и в этом её главная изюминка.

Самая распространённая и логичная версия — прозвище Морка от слова «морок», «морока». В древнерусских говорах «морок» означал туман, облако, а в переносном смысле — обман, наваждение, мрак. Морокой или Моркой могли прозвать человека угрюмого, хмурого, либо того, кто морочил голову, был непредсказуемым. В словаре В. Даля «морока» — это ещё и медлительный, неповоротливый человек. Фамилия образована напрямую от этого прозвища по типичной модели: Морка → Моркин.

Второй, менее очевидный путь — от имени Морк, сокращённой формы редкого крестильного имени Морк (Марк в просторечной обработке). На Руси имя Марк нередко звучало как Морк, а уменьшительная форма Морка дала фамилию. Эта версия правдоподобна в среде духовенства, где фамилии часто образовывали от имён святых, но для крестьянского сословия прозвищное происхождение всё же вероятнее.

География фамилии довольно размыта, но чаще всего Моркины встречаются в Поволжье и центральных областях России. Есть и топонимическая подсказка: посёлок Морки в Марий Эл. Однако связывать фамилию напрямую с этим названием рискованно — скорее, и фамилия, и топоним восходят к одному корню, возможно, финно-угорскому (в марийском «морко» — морковь, но это скорее случайное совпадение). Серьёзные ономасты, такие как Б. Унбегаун, в своих трудах по русским фамилиям склонны видеть в основе славянское «морок».

Редкость фамилии Моркин в сравнении с однокоренными Морозов или Морковкин подчёркивает, что прозвище Морка было не таким уж популярным. Возможно, оно бытовало в узком кругу — в одной деревне или волости, где и закрепилось за родом. Сегодня носители фамилии могут смело считать себя потомками либо угрюмого, но честного мужика, либо человека, чьё имя переделали на русский лад.