Фамилия Морковская образована по популярной в славянских языках модели с суффиксом -ск-, который указывает на происхождение от географического названия. Проще говоря, основателем рода Морковских был человек, живший в селе или урочище с названием Морковка, Морково или Морковичи. Такие топонимы встречаются в Беларуси, на западе России и в Украине — например, деревня Морковка есть в Витебской области, а село Морково — в Черниговской. Суффикс -ск- в фамилиях (в отличие от патронимических -ов/-ев) обычно указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но в реальности такую фамилию мог получить и крестьянин, переселившийся из деревни с этим названием.

Корень «морковь» в названии поселения мог появиться не из-за огородов, а из-за особенностей местности. В диалектах слово «морковка» иногда означало «шишка», «нарост» или «неровность» — так могли назвать холмик, бугорок или изгиб реки. Поэтому предки Морковских могли жить на возвышенности или у излучины, которую в народе прозвали Морковкой.

Женская форма Морковская закрепилась за дочерьми или жёнами Морковских. В документах XIX века фамилия встречается в основном среди мещан и крестьян западных губерний Российской империи — Могилёвской, Витебской, Черниговской. Встречается и польский вариант Morkowska — с утратой первой гласной, что связано с особенностями польской орфографии.

Однокоренные фамилии — Морков, Морковкин, Морковников — образованы от того же корня, но по другой модели: они указывают на прозвище или отчество, а не на место жительства. Морковская же почти всегда — «географическая» фамилия, что сразу отличает её от более распространённых «овощных» прозвищ.