Фамилия Моркунцов — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько историй происхождения, и ономасты до сих пор спорят, какая из них главная. В основе фамилии лежит мирское имя или прозвище Моркунец, а вот его корни могут вести и в балтийские земли, и в глубь русской народной речи.

Первая и, пожалуй, самая экзотическая версия предполагает смешанное польско-литовское происхождение имени. Согласно ей, Моркунец — это славянская адаптация имени Моркунас, которое, в свою очередь, образовано от польского слова morka — «легкий ветер с моря» — с помощью уменьшительного балтийского суффикса -unas. Такое имя могли дать ребенку, родившемуся в день, когда с моря дул особый ветер, то есть оно указывало на погоду, сопутствовавшую появлению младенца на свет. Возникновение такого имени вполне логично вписывается в эпоху Речи Посполитой — польско-литовской унии, когда контакты между балтами и славянами были настолько интенсивными, что имена и слова свободно перетекали из одного языка в другой.

Однако более привычной для русского уха выглядит версия, что Моркунцов — это фонетический вариант фамилии Моргунцов. В этом случае прозвище Моргунец связано с глаголом «моргать», который в старину имел куда больше значений, чем сейчас. Это и «часто мигать глазами», и «подавать тайный знак, подмигивая», и даже «ухаживать за женщинами». Соответственно, прозвище могли дать человеку, который часто моргал от недоумения или из-за болезни. Но не исключено, что Моргунцом называли любителя неожиданных розыгрышей, который постоянно перемигивался с сообщниками по шалостям, или же, напротив, дамского угодника. Сюда же примыкает и связь со словом «проморгать» — «прозевать, пропустить». Тогда прозвище закреплялось за рассеянным или нерасторопным человеком, а иногда и за слабовидящим, который щурится и моргает, пытаясь разглядеть предмет. В этой версии обращает на себя внимание то, что замена «г» на «к» — явление нередкое в народной этимологии, когда непривычное или неблагозвучное слово «переделывают» на более простой лад.

Наконец, есть гипотеза, сближающая фамилию Моркунцов с фамилией Маркунцов. Последняя образована от имени Маркунец — уменьшительной формы крестильного имени Марк, которое в переводе с латыни означает «принадлежащий Марсу», то есть богу войны. Эта версия менее популярна, но имеет право на существование, особенно если учитывать, что безударная «а» в разговорной речи часто звучит как «о».

Как бы то ни было, потомок человека по имени или прозвищу Моркунец со временем получил фамилию Моркунцов. Она встречается и в исторических документах. В подготовительных материалах к Книге памяти Тамбовской области отмечен красноармеец Моркунцов Иван Иванович, родившийся в 1904 году в селе Ваново Моршанского района Тамбовской области. Это говорит о том, что фамилия была распространена в центрально-черноземных губерниях, где оседали выходцы из разных земель, принося с собой и свои прозвища, и их местные переделки.