Фамилия Моркунцова — редкий случай, когда географический маркер перевешивает семантику корня. Перед нами не просто прозвище, а, скорее всего, «переселенческая» фамилия, указывающая на выходца из определённого места.

Словообразовательная модель здесь нестандартна для русского уха. Суффикс -ц- в сочетании с -ов (-ев) типичен для украинской и белорусской ономастики. Чаще всего так образовывались фамилии от названий населённых пунктов: если человек родом из села Моркунцы (или Моркунц, Моркунцы), его называли Моркунцов — «тот, кто из Моркунцов». Аналогия — фамилии Полтавцев, Казанцев, Могилёвцев, только с другим суффиксальным оформлением. Сама основа «Моркун-» почти наверняка восходит к прозвищу Моркун. В русских говорах «моркун» — это тот, кто моргает, щурится, либо капризный, недовольный человек (от глагола «моргать» в переносном смысле). В украинском языке «моркун» может означать ворчуна или того, кто говорит невнятно, «мормочет». Таким образом, фамилия построена по цепочке: прозвище Моркун → название села Моркунцы (жители по прозвищу основателя) → фамилия переселенца Моркунцов.

География фамилии подтверждает эту версию. Основной массив носителей сосредоточен в западных и южных регионах бывшей Российской империи — на Смоленщине, в Беларуси, на юге России (Кубань, Ростовская область). Именно в этих краях фамилии на -ун- (-унцов) встречаются чаще, чем в центральной России. Например, фамилии Боркунов, Хорхунцов, Моргунов имеют ту же модель и часто несут оттенок диалектного прозвища.

Спорный момент — возможная связь с литовским или балтским корнем. В Литве есть фамилия Morkūnas (Моркунас), образованная от имени Morkus (литовский вариант Марка). Если предок был литовцем или белорусом из приграничья, фамилия могла русифицироваться: Morkūnas → Моркун → Моркунцов. Однако это менее вероятно, так как в русских переписях форма Моркун встречается именно как прозвище, а не как калька с литовского.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казачья. В списках однодворцев и государственных крестьян южных губерний фамилии на -унцов нередки. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. Таким образом, Моркунцова — это фамилия, которая прямо говорит о месте, откуда родом её первый носитель, а само это место, вероятно, получило имя от приметного человека — ворчливого или моргающего Моркуна.