Фамилия Морокишко — редкий случай, когда прозвище почти без изменений перешло в фамилию, сохранив уменьшительно-ласкательный суффикс. Основа здесь — слово «морока», то есть хлопотное, нудное дело или состояние, когда что-то идёт не так, «заморочка». В говорах «морокой» могли назвать медлительного, ненадёжного человека или того, кто любит создавать лишние хлопоты. Суффикс -ишк- в украинской и белорусской традиции (а фамилия явно западнорусского или малороссийского происхождения) придаёт слову оттенок пренебрежения или жалости: Морокишко — буквально «небольшая морока», «бедолага-путаник». Такая модель образования (прозвище + -ишк-/-ушк-) типична для фамилий на -ко: Морокишко стоит в одном ряду с Негодяйко, Забудько, Несмиянко.

В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые закрепились как притяжательные прилагательные («чей?»), форма Морокишко — это застывшее прозвище в именительном падеже. Она не склонялась по падежам как прилагательное, а осталась неизменной, что характерно для украинских фамилий на -ко. В документах XIX века могли писать и Морокишка, и Морокишко, но современная норма закрепила форму на -о. Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи: чаще всего её корни ведут на Черниговщину, Полтавщину или в Гродненскую губернию.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от диалектного глагола «морокить» — обманывать, морочить голову. В этом случае Морокишко — прозвище плута или хитреца, но не злого, а скорее мелкого, «домашнего» обманщика. Однако первое значение (от «морока» как хлопоты) встречается в источниках чаще, и оно точнее передаёт бытовой, незлобивый оттенок прозвища.

Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане. В ревизских сказках XIX века Морокишко встречаются среди государственных крестьян и казачьих семей, что подтверждает народное, а не дворянское происхождение. Фамилия не получила широкого распространения — она осталась редкой, локальной, и сегодня её носители живут в основном на Украине и в приграничных областях России.