Фамилия Морокина образована от прозвища или нецерковного имени Морока. В древнерусском языке «морока» означала нечто темное, смутное, хлопотное, а также «мрак», «туман» или «наваждение». Слово это родственно глаголу «морочить» — обманывать, вводить в заблуждение. Прозвище Морока мог получить человек задумчивый, медлительный, либо, напротив, хитрый и скрытный, с которым «одна морока». В некоторых говорах «морокой» называли также пасмурную, сырую погоду — прозвище могло быть связано и с обстоятельствами рождения (в ненастье).

С точки зрения словообразования фамилия следует типичной восточнославянской модели: основа Морок- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В прямом значении Морокина — «дочь (или жена) Мороки». Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где активно использовался притяжательный суффикс -ин. Мужской вариант фамилии — Морокин.

Встречается фамилия нечасто, но имеет географические очаги. Данные переписей и телефонных справочников конца XX века фиксируют Морокиных преимущественно в Нижегородской, Костромской и Вологодской областях, а также на Урале. Это косвенно подтверждает, что прозвище бытовало в зоне севернорусских говоров, где слово «морока» сохраняло все свои значения.

В ономастических справочниках фамилию иногда связывают с именем Морок, которое могло быть охранительным — чтобы отвести от ребенка «дурной глаз», его нарекали именем с негативным оттенком. Верить в эту версию стоит с осторожностью: прямых письменных подтверждений существования такого имени в святцах нет, но в бытовой антропонимии Древней Руси подобные случаи известны (Некрас, Нелюб, Горемыка). Фамилия Морокина — редкий пример, когда прозвище, связанное с обманом или сумраком, закрепилось в родовом имени и дожило до наших дней.