Фамилия Морокишка — редкая и нестандартная по своему суффиксу. Большинство русских фамилий образовано формантами -ов/-ев, -ин, -ский. Здесь же мы видим суффикс -ишк(а), который в русском языке обычно придаёт слову уменьшительно-уничижительный или ласкательный оттенок (ср. домишка, братишка). В фамилиях такой суффикс встречается редко и часто указывает на прозвищное происхождение: так могли назвать человека маленького роста, несерьёзного или того, кого в шутку «умаляли» в разговоре.

Основа фамилии — «морок». В русских говорах морок — это туман, мгла, а также состояние оцепенения или обмана, наваждения. Отсюда глагол «морочить» — обманывать, вводить в заблуждение. Прозвище Морока (или Морок) могли дать человеку задумчивому, рассеянному, либо, наоборот, хитрому и склонному к путанице. Со временем к этому прозвищу добавился суффикс -ишк(а), и получилась фамилия Морокишка — «сын того, кого звали Морок» или «маленький Морока».

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным регионам России, а также к Украине и Белоруссии, где слово «морок» было особенно употребительно. Встречается она единично, что говорит о локальном бытовании: скорее всего, фамилия возникла в одном селе или волости и не получила широкого распространения. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что затрудняет точную привязку к сословию — носители могли быть как крестьянами, так и мещанами.

Особенность написания — окончание -а, которое указывает на то, что фамилия склоняется по образцу существительных женского рода (Морокишка, Морокишки, Морокишке), хотя носителем является мужчина. Это типично для прозвищных фамилий, застывших в форме именительного падежа с уменьшительным суффиксом. В целом Морокишка — яркий пример того, как живая речь, шутка или бытовая характеристика превратились в наследственное имя, сохранившее свой необычный звуковой облик.