Фамилия Морокуева — редкая и неочевидная на слух, что сразу подталкивает к поиску её корня. В основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя Морокуй. Разберём его по частям.

Первая часть, «морок», в русских говорах имеет два основных значения. Первое — «мрак, тьма, облако, туман». Второе, более образное — «наваждение, обман чувств, помрачение рассудка». В старину «мороком» называли и дурман, и колдовскую пелену, и даже густой туман на болоте. Вторая часть, «-уй», — это древний суффикс, характерный для северных и новгородских говоров. Он образовывал личные имена и прозвища от прилагательных и глаголов (сравните: Гневуй, Милуй, Вергуй). Таким образом, Морокуй — это человек, связанный с «мороком»: либо угрюмый, хмурый, либо тот, кто морочит голову, вводит в заблуждение.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом принадлежности -ев (в женском роде -ева). Морокуева — буквально «дочь (или жена) Морокуя». Фонетически фамилия могла видоизменяться: в некоторых говорах «морок» произносили как «марок», отсюда возможны варианты вроде Морокуев/Морокуева и Марокуев/Марокуева, но написание через «о» — более архаичное и точное.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Поволжью. Там, где сохранились древние новгородские диалекты, подобные прозвища на -уй были в ходу. Встретить Морокуевых можно в Вологодской, Архангельской областях, а также в Пермском крае, куда переселенцы принесли северную традицию имянаречения. Социальный статус предка, скорее всего, был крестьянским или посадским — прозвища такого типа редко давались знати.

Что касается альтернативных версий, иногда пытаются связать «морок» с тюркскими корнями, но это натяжка: слово общеславянское, с ясной этимологией (родственно «меркнуть», «мрак»). Вероятнее всего, первый Морокуй получил своё прозвище за характер или внешность — был человеком нелюдимым, задумчивым или, наоборот, любителем путать следы и обводить вокруг пальца.