Фамилия Моруков образована от мирского имени Морук — так в старину называли человека, не прибегая к церковному календарю. Имя Морук, скорее всего, связано с глаголом «морить», то есть «отравлять», «доводить до истощения, мучить». На первый взгляд звучит неласково, но смысл тут обережный: родители нарекали сына Моруком, чтобы злые силы не позарились на дитя, а он, вопреки «морящему» имени, рос сильным и здоровым. Такая охранительная практика встречалась у многих народов — имя-оберег должно было ввести в заблуждение нечистую силу.

Впрочем, возможна и другая версия, более приземлённая. Морук могло быть прозвищем, указывающим на род занятий. В этом случае его носитель имел отношение к морению дерева — длительной выдержке древесины в воде или специальном растворе, чтобы придать ей прочность и защитить от гниения. Ремесло это было трудоёмким, но ценным: морёный дуб или лиственница шли на самые ответственные постройки и корабельные детали. Так что прозвище Морук могло закрепиться за мастером, чья работа требовала терпения и сноровки.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Моруков — это «сын Морука», потомок человека с таким именем или прозвищем. По модели образования фамилия типична для русских родовых именований, сложившихся из личных имён и прозвищ в XV–XVII веках.

Встречается фамилия не только в России, но и в среде русскоязычного населения других стран бывшего СССР, что говорит о её давнем бытовании. Среди однофамильцев выделяется Борис Владимирович Моруков — врач, учёный и космонавт, сотрудник Государственного научного центра РФ; его биография — редкий пример, когда носитель фамилии, связанной с «морением», сам посвятил жизнь науке о выживании человека в экстремальных условиях.