Фамилия Морушкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу славянских фамилий. Основой фамилии Морушкин послужило мирское имя Морушка, которое берет начало от глагола «морить», то есть «томить, утомлять, мучить». Мирские имена, образованные от глаголов с негативным оттенком, на Руси давали не в обиду, а с обережной целью: считалось, что имя-оберег отпугнет злых духов и притянет к ребенку противоположные качества. Нарекая младенца Морушкой, родные хотели, чтобы он рос здоровым и крепким, — так называемое охранительное именование.

Не исключено, что в некоторых случаях фамилия восходит не к мирскому имени, а к прозвищу Морушка, также связанному с глаголом «морить», но в значении «безмерно смешить» — то есть «морить со смеху». Тогда именование отражало особенности характера обладателя: веселого балагура, который умел рассмешить до слез. Оба варианта правдоподобны, но для крестьянской среды XVII–XVIII веков охранительное имя выглядит более типичным: прозвища с шутливым оттенком чаще закреплялись в однодворческой и казачьей среде, тогда как «обереги» были повсеместны.

Словообразовательная модель здесь простая и показательная: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Морушкин», то есть сын, потомок Морушки. Это типичная патронимическая фамилия, которая застыла в форме притяжательного прилагательного и не склонялась по падежам, как обычное прилагательное, а со временем превратилась в неизменяемую фамилию. Подобные образования от уменьшительных имен с суффиксом -ушк- встречаются нечасто: чаще основой служили формы на -к- (Морковкин, Морозкин), а здесь двойное уменьшение — от Мор (корень) к Морушка.

В документах фамилия встречается с XIX века. Например, в Книге памяти Республики Татарстан упоминается Александр Семенович Морушкин, родившийся в 1882 году в селе Каймары Высокогорского района. Само село Каймары — старинное, известно с XVI века, и наличие там Морушкиных говорит о том, что фамилия бытовала в волжско-камском регионе, где мирские имена держались дольше, чем в центральных губерниях. Впрочем, география фамилии не ограничивается Татарстаном: отдельные носители встречаются в Поволжье и на Урале, что типично для фамилий, возникших из «домашних» имен, которые не привязывались к конкретному сословию.

Отдельно стоит сказать о написании: в некоторых источниках можно встретить вариант Мору́шкин с ударением на первый слог, но исторически ударение, скорее всего, падало на второй — Мору́шка, от чего и пошла фамилия. Путаница с ударением — обычное дело для фамилий, которые долго бытовали в устной речи до того, как попали в письменные документы.