Фамилия Мотыженец — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, она образована с помощью суффикса -ец, который в русской ономастике указывает на принадлежность к местности или на характерный признак человека. В данном случае перед нами, скорее всего, прозвище, закрепившееся за родом занятий.

Основа фамилии — слово «мотыга». В южнорусских и украинских говорах мотыгой называли не только садовый инструмент, но и человека, который им работает — того, кто мотыжит, рыхлит землю вручную. Суффикс -енец (вариант -ец после мягкого согласного) добавляет оттенок «носитель признака»: Мотыженец — это буквально «мотыжник», «земледелец с мотыгой». Такая модель словообразования характерна для украинского и белорусского ареалов, где фамилии с суффиксом -ец особенно распространены. В русских землях чаще использовали бы форму Мотыгин или Мотыжников.

Вероятнее всего, фамилия Мотыженец возникла на территории современной Украины или юга России, в зоне интенсивного земледелия, где мотыга была основным орудием крестьянина. Первым носителем мог быть человек, получивший прозвище за то, что постоянно работал в поле с мотыгой — либо в отличие от соседей-пахарей (работавших плугом), либо как прозвище-насмешка над особо усердным огородником.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию не с инструментом, а с топонимом. В некоторых славянских говорах «мотыжина» — это кочка, бугорок, а «мотыженец» могло означать «житель местности Мотыжино» или «выходец из села, где много кочек». Однако такая трактовка уступает «ремесленной» по частоте встречаемости в ономастических справочниках.

Фамилия не относится к дворянским или купеческим — её социальный корень однозначно крестьянский. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании в одной-двух волостях. Сегодня носители фамилии встречаются в основном на Украине и в приграничных областях России, что подтверждает южное происхождение.