Фамилия Можжерин происходит от прозвища Можжеря, которое давали предку по роду занятий или складу характера. Первая версия связывает прозвище с глаголом «можжить». Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет его как «бить или толочь до раздробленья». Если следовать этой версии, Можжеря — «профессиональное» именование: так могли называть мельника или человека, занятого измельчением зерна. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность потомку: Можжерин буквально означает «сын Можжери».

Согласно второй гипотезе, прозвище связано со словом «мозжера», которое встречается в пермских говорах и означает «скряга, скупец». Тогда прозвище отражало бережливость или прижимистость предка, и фамилия закрепилась за его потомками уже по этой черте. Обе версии правдоподобны, но первая выглядит убедительнее: глагольная основа «можжить» даёт более естественное словообразовательное гнездо, а «мозжера» — локальное слово, которое могло закрепиться в прозвище лишь в узком регионе.

Среди носителей фамилии есть Владимир Анатольевич Можжерин (род. 1953), депутат Новгородской областной Думы третьего созыва, работавший в постоянной комиссии по экономике и бюджету. Это пример того, как фамилия, возникшая из прозвища, дошла до наших дней в среде, далёкой от мельничного дела.

Точное время и место появления фамилии Можжерин не установлены. Процесс формирования фамилий у славян шёл несколько столетий и не всегда привязывался к одной местности, поэтому окончательный вывод о происхождении конкретной ветви возможен только после серьёзных генеалогических изысканий. Сама же фамилия остаётся самобытным памятником славянской культуры, в котором соединились и бытовое ремесло, и народная речь.