Фамилия Можжерин — редкий пример того, как прозвище, закрепившись за одним человеком, пережило столетия и превратилось в родовое имя. В её основе лежит личное прозвище Можжеря, а суффикс -ин указывает на прямую принадлежность: Можжерин буквально значит «сын Можжери» или «человек из рода Можжери». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

С этимологией прозвища Можжеря есть две основные версии, и обе заслуживают внимания. Первая отсылает к глаголу «можжить». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даль определяет его как «бить или толочь до раздробленья». Если следовать этой версии, Можжеря — прозвище профессиональное: так могли называть мельника или человека, занятого измельчением зерна, толчеёй. Прозвища по роду занятий давали людям в среде, где каждый был известен своим делом, и такое имя легко прилипало на всю жизнь.

Вторая гипотеза связывает прозвище с пермскими говорами, где слово «мозжера» означало «скряга, скупец». Тогда прозвище Можжеря отражало не профессию, а характер: бережливость, доходящую до прижимистости. В крестьянской среде такие качества нередко высмеивали, но и уважали, поэтому прозвище могло закрепиться за человеком, известным своей экономностью.

Какая версия правдоподобнее? Однозначного ответа нет. Профессиональная версия выглядит более «типичной» для прозвищ, но и слово с отрицательной окраской легко становилось семейным именем. В пользу первой говорит то, что глагол «можжить» был шире распространён в диалектах, чем «мозжера», а мельник — заметная фигура в деревне, и его прозвище чаще переходило на потомков.

Известный носитель фамилии — Владимир Анатольевич Можжерин, родившийся в 1953 году. Он был депутатом Новгородской областной Думы третьего созыва и входил в постоянную комиссию по экономике и бюджету. Это одна из немногих публичных фигур с такой фамилией, что делает её ещё более уникальной: Можжерины — фамилия не частая, и её носители, как правило, связаны с северо-западом России, где и встречаются следы пермских говоров.