Фамилия Можжерина хранит память о прозвище дальнего предка — Можжеря. Это прозвище, а затем и фамилия, по одной из версий, связаны с глаголом «можжить». Владимир Иванович Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет его значение как «бить или толочь до раздробленья». Если следовать этой версии, Можжеря — «профессиональное» именование человека, который занимался измельчением зерна, вероятно, мельника. Такие прозвища по роду занятий были широко распространены на Руси и часто закреплялись за потомками в виде фамилии.

Существует и другая гипотеза. В пермских говорах встречается слово «мозжера» — «скряга, скупец». Если прозвище Можжеря восходит к нему, то оно отражало не ремесло, а черты характера: бережливость, доходящую до прижимистости. Обе версии имеют право на существование, но первая выглядит более убедительной: связь с конкретным действием — толочь, дробить — делает прозвище более наглядным и объяснимым для носителей языка. Вторая гипотеза опирается на узкорегиональное слово, что тоже возможно, но встречается реже.

Модель образования фамилии проста: к основе Можжер- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такой тип фамилий типичен для северных и центральных русских земель. С течением времени потомки человека по прозвищу Можжеря стали писаться Можжериными.

Среди носителей фамилии есть люди, оставившие след в общественной жизни. Например, Владимир Анатольевич Можжерин (род. 1953) — депутат Новгородской областной Думы третьего созыва, входивший в постоянную комиссию по экономике и бюджету. Это подтверждает, что фамилия бытует в Новгородской области, где, вероятно, и жили её первые носители.