Фамилия Мркушева — редкий случай, где сразу бросается в глаза необычное сочетание согласных «Мрк». Это почти наверняка указывает на неславянское происхождение основы. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени или прозвища, восходящего к тюркским или кавказским языкам, где стечение согласных в начале слова встречается часто. В русском языке такое сочетание звуков при заимствовании обычно упрощали, но здесь его сохранили, что говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии или о сильном влиянии языка-источника.

Вероятнее всего, в основе лежит личное имя Муркуш или Мркуш. В тюркских языках корень «мур» или «мр» может быть связан со словом «мур» — печать, клеймо, или с глаголом со значением «мурлыкать», «ворчать». Однако более правдоподобна версия, что это вариант имени Маркуш (уменьшительное от Марк, через западноевропейское посредство), которое в тюркской среде могло потерять гласный звук. В таком случае Мркушева — это «дочь/жена Мркуша», а сам Мркуш — человек, носивший прозвище или имя, заимствованное из христианского именослова, но адаптированное под местное произношение.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилии — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?». То есть фамилия закрепилась в русской среде, но основа осталась иноязычной. Это типично для южных регионов России, Поволжья, Северного Кавказа, где веками шёл активный обмен между русским и тюркским населением. Предки носительницы фамилии могли быть выходцами из татарской, башкирской или кавказской среды, которые обрусели, но сохранили родовое прозвище.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Муркушев, Муркашев, Моркушев — показывает, что написание с первым «р» перед «к» (Мркушева) встречается реже всего и может быть результатом диалектного произношения или ошибки при записи в документах. В любом случае, это не случайный набор букв, а фамилия с конкретной географической привязкой — скорее всего, к зоне контакта русского и тюркского миров.