Фамилия Мубаракши — редкий случай в русском ономастиконе, где арабское имя перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные славянские суффиксы. В основе лежит арабское имя Мубарак (مبارك), которое означает «благословенный», «счастливый», «благодатный». Это один из эпитетов Аллаха, а также распространённое личное имя у мусульманских народов. Форма Мубаракши — это уже русифицированный вариант, где конечное «-и» прибавилось для удобства произношения в русской среде, по аналогии с другими заимствованными фамилиями (например, Ахметши, Насибуллин).

С точки зрения словообразования, Мубаракши не имеет классического русского фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский). Это так называемая «чистая» фамилия, образованная напрямую от имени отца. В тюркской традиции, особенно у татар и башкир, такие фамилии нередко заканчиваются на «-и» или «-ый» (Мубаракши, Абдуллин, Салихов), что указывает на принадлежность к роду. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Мубаракша, где «-ша» — уменьшительно-ласкательный суффикс в тюркских языках (как в именах Ахметша, Габдулша). Получается, Мубаракша — это «маленький Мубарак» или «Мубарак-батюшка».

Географически фамилия привязана к Волго-Уральскому региону, в первую очередь к Татарстану и Башкортостану. Здесь она встречается среди татар, башкир, реже — у мишарей и кряшен. В дореволюционной России такие фамилии не были дворянскими: их носителями были крестьяне, ремесленники, а также муллы и торговцы. Сословной привилегией они не обладали, но имя «Мубарак» давалось с надеждой на счастливую судьбу, что отразилось и в фамилии.

Есть одна деталь, которая отличает эту фамилию от многих других «восточных»: она почти не подверглась адаптации через русские суффиксы. Сравните: от имени Ахмет пошли Ахметовы и Ахметшины, а Мубаракши так и остался Мубаракши. Это говорит о позднем и, возможно, более локальном закреплении фамилии — когда русское делопроизводство уже фиксировало имена в том виде, в каком их произносили сами носители, не переделывая на свой лад. Встречается также вариант Мубаракшин (с суффиксом «-ин»), но он менее распространён.

Спорных версий происхождения у фамилии нет: арабский корень и тюркская огласовка очевидны. Единственное, что может сбить с толку — созвучие с арабским словом «мубарак» и персидским «шах» (царь). Но «ша» в конце — именно тюркский уменьшительный суффикс, а не титул. Так что фамилия означает не «благословенный царь», а скорее «сын благословенного».