Фамилия Мубаракшина образована от мужского мусульманского имени Мубаракша — так звали предка, от которого пошёл род. Имя составное, восточное, и в нём соединились два корня: арабский и персидский. Арабское «мубарак» значит «приносящий счастье», а персидское «шах» — «царь, монарх». Вместе имя можно понять как «счастливый правитель» или «царь, несущий благо».

Такие двухосновные имена с элементом «шах» были распространены в мусульманском мире: вспомним похожие по строению имена вроде Бахрамшах или Джаханшах. Но если те имена чаще встречались в среде знати, то имя Мубаракша, судя по фамилии, бытовало и у простых людей. Фамилия закрепилась по обычной для русского языка модели: к имени отца добавили притяжательный суффикс -ин, и получилось «чей?» — Мубаракшин. Форма Мубаракшина — женская, она указывает на принадлежность к тому же роду.

Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Мубаракша, поэтому фамилия звучит как Мубаракшин, а не Мубаракшов. Такая модель встречается у многих фамилий тюркского и арабского происхождения: например, Габдуллин, Хайруллин, Ибрагимов. То есть носитель фамилии — потомок человека, которого в окружении звали Мубаракша, и это имя, скорее всего, было ему дано при рождении, а не в качестве прозвища.

География фамилии связана с регионами, где исторически жили татары и башкиры, — это Поволжье, Приуралье, отчасти Западная Сибирь. В этих краях арабские имена через исламскую традицию проникали в тюркскую среду ещё с домонгольского времени, а массово закреплялись как фамилии в XIX веке, когда у мусульманских народов Российской империи начался обязательный учёт населения.

Процесс формирования фамилий у татар и башкир растянулся на десятилетия, поэтому точно сказать, где и когда именно возник род Мубаракшиных, без генеалогических изысканий нельзя. Но одно очевидно: фамилия напрямую сохранила память о предке, которого нарекли именем со значением «приносящий счастье» и «царь». Сегодня она встречается и у татар, и у башкир, и у других народов, принявших ислам, — что лишний раз говорит о её восточных корнях.